Блог

Книги по Data Science

Ресурс для #горячихюныхкогнитивных, намеревающихся серьезно заняться самообразованием в области data science -- список хороших бесплатно распространяемых книг для разного уровня подготовки.

Список составлен и обновляется Уильямом Ченом -- исследователем из команды Quora. Бесплатный или условно-бесплатный (donation с минимумом в 0) доступ к книгам открывается по клику на обложку со страницы блога Уильяма: www.wzchen.com/data-science-books

Лекции по фМРТ

Национальный Институт Здоровья США (NIH) проводит открытый летний курс по функциональной магнитно-резонансной томографии.

Помимо основ сбора, хранения и обработки данных (AFNI/SUMA), темы включают в себя фМРТ состояния покоя, фМРТ аффективных расстройств, фМРТ обезьян и крыс и много других. Cписок тем, записи всех лекций и слайды можно найти по ссылке: fmrif.nimh.nih.gov/public/fmri-course/index_html

Идеальный t-тест

Дэниель Лакенс выложил скрипт для R, в котором он описывает идеальный (с его точки зрения) алгоритм расчетов и описания результатов при использовании t-теста.

В нем представлены три подхода — классический, байесовский, и робастный. Загнав в скрипт свои переменные, вы получите подробный отчет с пояснениями по результатам анализа и корректным описанием результатов, выглядящий примерно так: https://github.com/Lakens/perfect-t-test/blob/master/Output_demo_independent_t-test.pdf. Сам скрипт выложен на гитхабе (https://github.com/Lakens/Perfect-t-test), а подробнее почитать про обоснование можно в блоге: http://daniellakens.blogspot.nl/2015/05/the-perfect-t-test.html

Очень советуем всем взглянуть на этот скрипт и посмотреть логику и описание результатов. t-тест — один из наиболее часто применяемых методов, и знать как его использовать нужно всем. Однако нужно также понимать, что идеалы у всех разные, и не воспринимать предложенный текст как догму.

nowhere

xkcd.com/650/

Бакалавриат по психологии в РАНХиГС

Наши коллеги из московского РАНХиГС попросили разместить информацию о новом бакалавриате по психологии. Обычно мы такого не делаем, но в данном случае среди преподавателей программы много хорошо знакомых нам исследователей-когнитивистов, так что обучение обещает быть хорошим и интересным. Если вы или ваши друзья только собираетесь поступать в этом году в университет и интересуетесь когнитивными исследованиями — это неплохой вариант. Если есть возможность, донесите информацию об этой программе в сообщества абитуриентов.

----------------
Факультет психологии РАНХиГС (http://ion.ranepa.ru/about/faculties/7/fakultet-psikhologii/) открывает прием на программу бакалавриата по психологии (http://ion.ranepa.ru/bachelor/405/psikhologiya/)

Выпускники этой программы
— станут специалистами в области психологической теории и практики, связанных с переработкой информации человеком, анализом работы человеческого мозга, моделировании человеческого мышления и сознания;
— выучат два европейских языка и овладеют основами психологических знаний, что позволит им после окончания работать в самых разных сферах: образование, HR, психотерапия, индивидуальное и бизнес-консультирование, эргономика и юзабилити, реабилитация и коррекция, а также заниматься исследованиями в области психологии и психолингвистики;
— После окончания бакалавриата выпускники смогут поступить в профильные магистратуры ИОН (и не только), а затем и в аспирантуру;

В учебную программу входят такие дисциплины как: Общая психология, Социальная психология, Психология развития, Основы когнитивистики, Практикум по методам психологических исследований, Психолингвистика, Эргономика и юзабилити, Решение задач и проблем, Психологическое консультирование и психотерапия и др.

— Обучение ведут ведущие отечественные специалисты в области когнитивной психологии и лингвистики: В.Ф. Спиридонов, М.В. Фаликман, О.В. Федорова, Т.Н. Котова и другие;
— 15 бюджетных мест и общежитие для иногородних.
— Поступление по результатам ЕГЭ: биология, русский язык, английский язык.
-----------------

Первый русскоязычный онлайн-курс по R

День хороших новостей! Горячие-юные-когнитивные Иван Иванчей и Анатолий Карпов записали первый русскоязычный онлайн-курс по R. Курс рассчитан на начинающих, представляющих себе основы статистики, и желающих научиться использовать R для анализа.

Слово авторам:
«В рамках трёхнедельного курса рассматриваются все основные этапы статистического анализа R, считывание данных, предобработка данных, применение основных статистических методов и визуализация результатов. Слушатели научатся основным элементам программирования на языке R, что позволит быстро и эффективно решать широчайший спектр задач, возникающих при обработке данных».

Теперь у вас просто не будет оправданий, чтобы не использовать R!

Анализ данных в R from Stepic on Vimeo.

Летняя нейролингвистическая школа «Language and Brain Pathology»

Лаборатория нейролингвистики НИУ ВШЭ приглашает принять участие во второй Летней нейролингвистической школе «Language and Brain Pathology», которая пройдет в Москве с 24 по 26 августа 2015 года.
В рамках Летней школы участники смогут ознакомиться с основными положениями и методами современной нейролингвистики, прослушав лекции российских и зарубежных экспертов. Школа ориентирована на студентов и специалистов в области лингвистики, психологии, нейронаук и медицины.
Участники так же приглашаются принять участие в постерных сессиях, чтобы поделиться результатами своих исследований с ведущими специалистами в области нейролингвистики и смежных дисциплин.
Рабочий язык школы — английский. Авторам трех наиболее интересных тезисов для постерных сессий покроют дорожные расходы.
Более подробная информацию в информационном письме: Information letter — Summer school 2015

Итоги первой TCTS GRАДSCHOOL

Две недели назад закончилась первая TCTS GRАДSCHOOL, она же — первый оффлайн проект TCTS, научная школа для когнитивных аспирантов и магистров. Мы хотели сделать «продвинутую» школу, предназначенную для тех, кто уже достаточно хорошо разбирается в своей области исследований, но хочет углубить свои знания и научиться чему-то новому. По нашему далеко не скромному мнению, получилось весьма неплохо. Как это было -- рассказ ниже.

Сделать свою школу мы хотели достаточно давно — онлайн-проект онлайн-проектом, а наука вещь социальная, да и нам по собственному опыту известно, какими полезными и приятными бывают летние школы и всевозможные семинары. Было некоторое общее понимание, что мы хотим сделать что-то интересное и для нас самих тоже, не только как для организаторов, но и как для ученых. Этой зимой мы наконец перешли к активному обсуждению идеи, и после долгих споров остановились на коротком формате мероприятия, выделив основные сферы будущей программы: теория, практика и «околонаучное». В общем, keep it simple, stupid, хотя бы для первого раза.

Мы изначально планировали камерную и уютную школу, хотя бы потому что не были уверены, что люди массово захотят к нам приехать, учитывая эксцентричность программы и немалые входные требования. К тому же, бюджет ограничивал нашу гибкость. В итоге участников получилось немного — всего 15 магистров и аспирантов из СПбГУ, НИУ ВШЭ, Психологического института РАО, Института физиологии РАН и Института психологии РАН. К некоторому нашему удивлению и большому сожалению, заявок было почти в два раза больше, чем мест на школе, поэтому части отличных кандидатов мы вынуждены были отказать. Зато теперь мы лучше представляем себе масштаб интереса.

В теоретическом блоке мы запланировали две большие лекции и несколько праймеров, т. е. кратких введений в какую-либо область исследований. Лекции прочитали Джо МакИннес и Екатерина Печенкова из Москвы. Джо рассказывал про свои исследования направления внимания во времени и пространстве, а Екатерина говорила о проблемах интерпретации МРТ-данных и современных методах, позволяющих эти проблемы частично решить. Праймеры провели двое наших участников — Иван Иванчей («Измерение осознанности в исследованиях восприятия и научения») и Елизавета Окорокова («Kalman Filter: Theory, Intuition and Practical Applications»). От редакции TCTS с праймером выступила по скайпу Ника Адамян («Introductory primer on spatial attention»).

Мы уверены, что современные исследователи-когнитивисты должны не только уметь думать о феноменах и экспериментальных планах, но и активно использовать современные инструменты для упрощения и оптимизации своей работы. Поэтому практический блок школы был сугубо технологичным, и наши прекрасные коллеги рассказывали и показывали, как использовать следующие инструменты в своей работе:

Найти ведущих для мастер-классов было достаточно сложно, особенно если учесть, что им с порога ставилась задача за полтора-два часа рассказать материал кучке психолого-биологов (очень, очень умных!). Но в итоге все получилось очень познавательно и доступно, большое спасибо ребятам! Вообще, по поводу этого набора мы довольно долго спорили, и на первый взгляд темы действительно выглядят довольно странно, особенно все вместе. Тем не менее, они хорошо отражают широту инструментального набора, необходимого или доступного сегодня исследователю. Вооружившись современными гибкими инструментами, адаптируемыми для сбора и анализа данных в нейронауках, можно выйти на новый уровень понимания собственных исследовательских задач и возможностей. Ну и в конце концов, когда еще ковыряться в сложных новых методах, как не в аспирантуре?

Наконец, третий блок школы получился про научную и околонаучную инфраструктуру. Ирина Радченко рассказывала про открытую науку, ее элементах и возможных проектах в этой области, а Михаил Соколов закрывал школу потрясающей лекцией про социальное устройство науки под интригующим подзаголовком «Как организованы карьеры в современной науке». В конце концов, «наука — одна из наименее демократических организаций, потому что это цеховое сообщество, имеющее очень строгую иерархическую структуру» (К.Северинов) а проще говоря, наркокартель (https://alexandreafonso.wordpress.com/2013/11/21/how-academia-resembles-a-drug-gang/), и знать, как жить и строить карьеру в этом сообществе, необходимо всем, кто планирует посвятить свою жизнь научной деятельности.

Чтобы разбавить накал интеллектуальной работы (ну или поддержать темп, кому как ближе), вечера мы проводили в менее формальных посиделках в барах, которыми так славен Петербург. Во второй день школы мы сделали вечер открытых дверей, и пригласили всех, кто заинтересован в когнитивной науке, а так же друзей, коллег и наших спонсоров на масштабную неофициальную встречу. Большое спасибо всем, кто пришел или передавал приветы — нам было очень приятно видеть и знакомые, и новые лица!

В заключение — благодарности. Большое спасибо:

  • нашим лекторам и ведущим, которые любезно согласились отвлечься от дел, потратить немалую часть своего свободного времени и подготовить для наших участников лекции и практикумы;
  • нашим участникам, которые решили провести три дня на впервые проводящемся мероприятии, мужественно терпели духоту в зале и прочие организационные сложности, и старательно учились ;
  • Алёне Беглер за помощь в организации школы;
  • Хостелу BedandBike на Достоевского (http://bedandbike.ru/) и менеджеру Юлии Лукьяновой за отзывчивость, готовность к взаимодействию и общий позитивный настрой;
  • Всем, кто поддерживал TCTS морально и материально.

Мы надеемся, что GRАДSCHOOL станет регулярной, но получится это или нет — покажет будущее. Еще раз спасибо всем, кто был с нами, оставайтесь на связи и ждите новостей! Все вопросы, пожелания и предложения мы всегда рады получить на

Стипендия Cantab

Важная новость для #горячихюныхкогнитивных студентов и аспирантов, использующих в своей работе нейропсихологические тесты когнитивных функций.

Компания Cambridge Cognition -- разрабочик программного обеспечения для проведения когнитивных тестов на iPad-- объявляет конкурс студенческих научных проектов в сфере психологии, психиатрии и нейронаук. Победитель получит финансовую поддержку (£1,250 / $ 1,800) и трехмесячную лицензию на использование программы Cantab Connect Research. Предполагается, что программа будет использована при проведении проекта. В финансовый план проекта можно включать приобретение материалов, расходы, связанные с проведением исследования и представлением его на конференциях.

Подавать заявки можно до 20 мая. Подробности здесь: www.cambridgecognition.com/academic/Cantab-Bursary

Как получить максимум от поездки на конференцию

Marieke van Kesten, психолог из Университета Стэнфорда, написала очень полезный пост в коллективном блоге NeuWrite Neuroblog. В своем тексте она дает 8 рекомендаций, касающихся эффективного пребывания и выступления на конференциях.

Полный текст можно прочесть в Neuroblog, а мы c разрешения автора приводим краткий пересказ.

1. Старайтесь получить финансирование от самой конференции -- это хорошо выглядит на CV, и подача не составляет большого труда. Если с финансированием сложно, старайтесь разумно выбирать конференции (например, выбрать маленькую узкоспециализированную, а не гигантскую общую).

2. Перед отъездом ознакомьтесь с программой и списком участников. Скачайте и просмотрите последние статьи людей, которые вам интересны. Если вы будете разговаривать с кем-то из этих людей, не стесняйтесь сказать, что вам нравятся их последние работы, и задать вопрос.

3. Если вы хотите с кем-то встретиться на конференции, напишите им заранее. Старайтесь знакомиться не только с профессорами -- знакомства и разговоры с более близкими по статусу постдоками и аспирантами могут быть настолько же полезны. Учтите, что чаще всего вы не сможете долго разговаривать с человеком перед его постером -- вам придется поймать его до или после постерной сессии.

4. Слоняйтесь=). Старайтесь передвигаться не только в кругу друзей из вашей собственной лаборатории.

5. Не упускайте неформальную часть, как раз там бывает возможно поймать кого-то нужного, и поговорить.

6. Как сделать удачную постерную презентацию:

  • Не забудьте вместе или вместо раздаточного материала повесить листок, на котором люди смогут написать свой адрес для получения копии вашего постера. Вы будете знать, кто интересуется вашим постером, и в отличие от бумажной копии, письмо точно не потеряется.
  • Сделайте ваш постер доступным онлайн и разместите на нем QR-код
  • Всегда будьте готовы рассказать ваш постер за 5 минут. Если же слушатель будет заинтересован или окажется специалистом по теме, он будет задавать вопросы, и вы сможете рассказать больше деталей.
  • Не перегружайте постер текстом.
  • Обращайте внимание на людей, которые подходят к вашему постеру, и старайтесь уделить внимание всем. Если вы видите, что человек ходит кругами и терпеливо ждет, пока вы закончите общаться с другим посетителем, включите его в диалог и предложите рассказать об исследовании.
  • Если вы хотите, чтобы ваш постер увидел кто-то конкретный, напишите этому человеку заранее.

7. Используйте социальные медиа. В твиттере можно узнать, что интересного произошло на параллельных секциях, необходимость написать что-то помогает удерживать внимание на докладах, а вас начинают замечать другие блоггеры и пользователи твиттера. Это полезно.

8. Практические советы

  • Одевайтесь удобно, особенно это касается обуви. Не забывайте, что в кондиционированных залах всегда холодно.
  • Старайтесь найти жилье как можно ближе к месту проведения конференции
  • Следите за тем, чтобы ваш бейдж был всегда виден.

Всем удачных конференций!

Ортогонализация регрессоров в данных фМРТ

В Plos ONE вышла статья, очень понятно объясняющая принципы и правила ортогонализации регрессоров для фМРТ.

Статья будет полезна для прочтения всем, кто проводит или планирует фМРТ-исследования, особенно тем, кто пользуется программой SPM. Процедура ортогонализации часто используется без понимания ее влияния на интерпретацию результатов, а в некоторых случаях вообще применяется автоматически, что приводит к ошибкам в трактовке данных. В статье рассказывается о том, как в фМРТ появляется коллинеарность моделей, когда эта коллинеарность опасна, как работает ортогонализация и как проводить ее в SPM и FSL. Must read.

journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.126 255

В качестве бонуса — видео человека, поющего «If I Only Had a Brain», сделанное при помощи новейшей техники скоростной томографии.