Блог

Список «хищнических» журналов 2015

В январе John Beall опубликовал ежегодный список «хищническими» журналов, в который вошли журналы 693 издательств и еще 507 независимых журналов: http://scholarlyoa.com/2015/01/02/bealls-list-of-predatory-publishers-2015/. Хищнические журналы характеризуются агрессивными практиками заманивания авторов (например, спам-рассылки) и намеренно вводят авторов и читателей в заблуждение по поводу качества журнала (например, описывая себя как журнал с долгой историей, рецензированием статей, хотя всего этого на самом деле нет). Критерии включения журнала в список подробно расписаны тут: https://scholarlyoa.files.wordpress.com/2015/01/criteria-2015.pdf.

В этом году в список добавились две категории: ложные метрики и «угнанные» журналы. С первыми все более-менее понятно — это компании, которые публикуют свои собственные рейтинги журналов, выдавая свои оценки за обычные оценки «импакт фактора». Вторые — более интересный случай. Речь идет о журналах, для которых злоумышленниками создаются клоны с идентичным или очень похожим названием, оформлением, и т. п. Например, есть журнал TERAPEVTICHESKII ARKHIV (http://terapevticheskiiarkhiv.org/index.php/TERA/index/), а есть Terapevticheskiĭ arkhiv (http://www.mediasphera.ru/journals/terapevt/). Как вы думаете, какой из двух архивов настоящий? Подобные аферы чаще всего направлены на относительно малоизвестные журналы, в противном случае подделка сразу станет заметна.

Мы уже писали раньше про паразитов в академическом мире (http://tcts.cogitoergo.ru/blog/academic-scam-spam/). Публикуйтесь в хороших, известных изданиях и игнорируйте спам.

Royal Society об истории науки

В честь 350-летия первого в мире научного журнала -- Philosophical Transactions -- британская Академия Наук (The Royal Society) на месяц открыла доступ к полному архиву издания.

Для многих из нас это уникальная и очень вдохновляющая возможность прикоснуться к истории науки -- в архиве есть ранние исследования по анатомии и физиологии мозга и сенсорных систем, статьи Дарвина, а также первое описание теории Байеса. Кроме того, Royal Society записали интервью с современными учеными, которые рассказывают о своей работе и о ее связи с открытиями, сделанными в предыдущих столетиях. Одно из интереснейших интервью — с нейроучеными Карлом Фристоном и Франческой Хаппе.

Ссылка на архив: rstl.royalsocietypublishing.org/content/by/year

Журнальный клуб TCTS -- февраль

Сегодня в 20:00 по московскому времени состоится очередная встреча Журнального Клуба TCTS.

Будем обсуждать статью «Understanding the behavioural consequences of noninvasive brain stimulation» (Bestman, Berker, Bonaiuto, TiCS 2015). В онлайн-встрече есть еще несколько мест, поэтому если кто-то хочет в срочном порядке присоединиться -- напишите на . То же самое касается желающих получать объявления о Журнальном Клубе на постоянной основе. Всем продуктивного воскресенья!

Зеркальные нейроны

В Сurrent Biology вышел замечательный короткий обзор по зеркальным нейронам (открытый доступ!).

В центре внимания -- отделение экспериментально подтвержденных фактов от мифов и спекуляций. Отдельно стоит отметить несложную математику: всего по ключевым словам «mirror neuron (s)» в PubMed зарегистирировано более 800 статей. Из них действительно точно о зеркальных нейронах (т.е. электрофизиологические исследования) -- 25. Большая же часть статей -- это исследования людей, в основном с помощью фМРТ. И здесь важно помнить, что наличие у людей зеркальных нейронов еще нужно доказать.

Несмотря на то, что вроде бы зоны активации, полученные в фМРТ исследованиях мозга людей, пересекаются с аналогичными зонами, в которых были найдены зеркальные нейроны у макак, нельзя забывать, что фМРТ показывает результаты на уровне популяции, а электрофизиология -- на уровне клетки. Вполне возможно, что статистически значимая активация популяции включает в себя нейроны, сами по себе значимо не модулирующие. Кроме того, не стоит забывать, что в в большей части фМРТ-исследований не проводится контроль с самостоятельным движением (совершается только наблюдение за действием, но не его исполнение), что также может привносить активацию не-зеркальных нейронов в полученные результаты.

Одна из устоявшихся техник для выделения в фМРТ отдельных нейронных популяций -- парадигма подавления повторения (repetition suppression). Мы знаем, что при повторном предъявлении стимула с определенной характеристикой интенсивность нейронного ответа (и -- скорее всего -- BOLD-ответа) снижается. Следовательно, если в коре есть популяции, снижающие BOLD-ответ как при наблюдении за действием с последующим его исполнением, так и при исполнении его с последующим наблюдением, это будут популяции зеркальных нейронов. Таких исследований существует 5, из них лишь 3 с положительным результатом. Правда, есть вероятность, что зеркальные нейроны не проявляют адаптации к повторению, но это еще тоже нужно исследовать.

Мораль проста: можно очень красиво разговаривать о том, что зеркальные нейроны способствовали развитию нашей культуры и вообще являются источником всего человеческого. Но нужно помнить, что найдены они в у обезьян, а в мозге человека мы только пытаемся их найти и разгадать.

Статья в Current Biology -- www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960982213013262

Нейроимиджинг: полезные ссылки

Два полезных материала по нейроимиджингу.

1. Видео и слайды докладов школы «Practical data analysis and modeling in cognitive and clinical neuroscience» в университете Гента. Много полезного об МРТ и ЭЭГ, а также интересное выступление Нейроскептика о типичных ошибках при анализе фМРТ-данных.

www.da.ugent.be/school2014/index.php?position=1x2x0#.VOxXBVXF9Mk

2. «Золотой стандарт» задач: cкрипты (увы, пока E-prime) и подробные описания семи классических задач для фМРТ. Если у вас возникают сомнения по поводу времени предъявления, контрастов, размеров стимулов -- это удобное место для консультации. Что еще полезнее, на сайте есть файлы с данными и скрипты для GLM-анализа в среде FEAT. Эти материалы можно применять для самостоятельного погружения в фМРТ-данные или для преподавания. Скрипты cкорее всего через некоторое время будут доступны и в Python. www.humanconnectome.org/documentation/Q1/task-fMRI-protocol-details.html

Special Issue: Neurodevelopment

Вышел спецвыпуск журнала Developmental Cell по развитию нервной системы.

Среди интересных когнитивистами -- статьи о миелинации ЦНС, раннем нейрогенезе, генетических аспектах формирования мозга человека, и эволюции системы локомоции. Пока доступ открытый!

www.cell.com/developmental-cell/issue?pii=S1534−5807%2814%29X0029−8

Mind in Pictures: Memory

Scientific American ведет рубрику «Mind in Pictures», в которой нейроученый Дуэйн Годвин и создатель PhD Comics Йорг Чам рассказывают в одной картинке о научных фактах по какой-то теме из области наук о мозге.

Конечно, информация подается в максимально (а иногда криминально) упрощенном виде, но тем не менее, это неплохой способ систематизации информации. Например, в последнем выпуске они говорили о памяти. С разрешения авторов мы публикуем картинку с произвольным переводом.

Наша жизнь определяется воспоминаниями о внешнем облике объектов, звуках, запахах и чувствах. Как мы все это помним? И можем ли мы улучшить свою память? В начале 1900х немецкий биолог Рихард Семон предположил, что образ памяти -- «энграмма» -- это перманентный след раздражения, «закрепленный» в нервной системе. А в 1950х Карл Лешли стал искать энграммы в мозге крыс, чтобы ответить на вопрос о пространственном расположении памяти, но заключил, что воспоминания на самом деле распределены по всему мозгу. В современной науке считается, что воспоминания кодируются синаптическими связями между различными областями мозга путем процесса долговременной потенциации. Обычно коммуникация между двумя нейронами осуществляется при помощи нейротрансмиттера глутамата. Когда синапс активируется залпом импульсов, NMDA-рецепторы «принимающего» нейрона позволяют ионам кальция попасть в клетку. В свою очередь, это задействует большое количество AMPA-рецепторов глутамата, тем самым повышая чувствительность синапса. Впоследствии синтезируются новые белки, способствующие поддержанию этого изменения чувствительности. Можем ли мы контролировать память? В недавнем эксперименте было показано, что генетически модифицированные мыши, имеющие большее количество nmda-рецепторов определенного типа, лучше справляются с заданиями на памяти. А препараты, затрудняющие процесс долговременной потенциации, предлагается использовать для снижения эффекта болезненных воспоминаний. Так что помните -- ваш мозг хорошо справляется с сохранением воспоминаний. Живите ярко и создавайте новые.

Go Study Cognitive Science

Преподаватели университета Aarhus записали прекрасную песню про когнитивную науку :)

Летняя практика для третьекурсников -- University of Rochester

Отличная возможность для студентов бакалавриата: Университет Рочестера организует оплачиваемую летнюю практику в Centre for Visual Science.

Приглашаются студенты, интересующиеся нейронаукой, когнитивной наукой, искусственным интеллектом и биомедициной. Прежде всего программа рассчитана на третьекурсников, но возможны заявки от второкурсников и от студентов четвертого курса, если они еще не поступили в магистратуру.

Практика проходит с 1 июня по 31 июля, срок подачи заявки -- 1 марта. Подробности на сайте программы: www.cvs.rochester.edu/training/undergraduate/fellowships/index.html

Напоминаем, что TCTS помогает желающим составить мотивационное письмо и CV;)

cvs_fellowship2015

Советы от Nature для тех, кто хочет изучать Python

Nature опубликовал заметку с советами для начинающих изучать Python (http://www.nature.com/news/programming-pick-up-python-1.16 833).

Из интересного — обсуждение сообщества вокруг Python и список полезных ресурсов:

  1. Установите Python с помощью научно-ориентированного дистрибутива Anaconda (http://continuum.io/downloads) или Enthought Canopy (http://www.enthought.com/products/canopy)

  2. Уроки для начинающих можно найти на Software Carpentry (http://software-carpentry.org/v4/python), Learn Python the Hard Way (http://learnpythonthehardway.org/book); Codecademy (http://www.codecademy.com); и Think Python (http://greenteapress.com/thinkpython/html/index.html).

  3. Еще полезные онлайн-ресурсы по Python: курс MIT (http://www.edx.org/course/introduction-computer-science-mitx-6−00−1x-0), материалы к лекциям Thomas Robitaille из института Макса Планка (http://www.mpia-hd.mpg.de/%7Erobitaille/PY4SCI_SS_2014), и эссе Питера Норвига, руководителя исследований Google (http://norvig.com/21-days.html).
  4. Множество модулей Python для ученых доступны на SciPy.org (http://scipy.org)/
  5. Полезные советы в духе «как вообще что-то сделать» и братско-сестринскую помощь от сообщества можно получить на Ladies Learning Code (http://ladieslearningcode.com) и Stack Overflow (http://stackoverflow.com). На PyCon.org (http://pycon.org) можно найти конференции по Python, проходящие по всему миру.