Архивы TCTS recommends | Страница 19 из 25

Первая статья проекта MyConnectome

Прошлая неделя выдалась продуктивной для исследователей коннектома человека. Во-первых, в Neuron вышла удивительная статья от группы Рассела Полдрака по результатам проекта MyConnectome (http://myconnectome.org/).
На протяжении 76 недель (!), три раза в неделю (!) сам Рассел Полдрак проводил время в сканере, собирая данные о своем мозге (фМРТ с классическими задачами и в состоянии покоя). В результате в распоряжении исследователей оказалось огромное количество данных об одном-единственном мозге. С помощью этих бесценных данных стало возможным в том числе проанализировать, насколько парцелляция на основе состояния покоя соответствует активациям, полученным у того же испытуемого при выполнении задаы, а также проверить, насколько стабильны результаты от сессии к сессии у одного и того же испытуемого. Подробнее об исследовании можно прочесть в статье, или посмотреть в замечательном видео-абстракте, но основные результаты показали, что в целом возможно восстановить стабильную и подробную картину функциональной структуры индивидуального мозга, и эта картина в чем-то будет отличаться от групповой (почему -- отдельный вопрос), но для составления такого «портрета» необходимо гораздо больше данных, чем принято записывать в классических фМРТ-парадигмах. Кроме того, отмечено, что источники изменчивости в данных различаются при внутрииндивидуальном и межиндивидуальном анализе.

Ссылка на статью (и видео-абстракт!): T. Laumann et al. (2015) Functional System and Areal Organization of a Highly Sampled Individual Human Brain.
http://www.cell.com/neuron/abstract/S0896−6273(15)00600−5

И десерт. Вышел совершенно чудесный тулбокс для анализа связей мозга (connectivity). Он называется Multimodal Imaging Brain Connectivity Analysis toolbox (MIBCA) и позволяет проводить анализ мультимодальных данных в одной среде от начала и до конца, что раньше было практически невозможно. Тулбокс и подробности можно найти здесь: www.mibca.com/, а статью с описанием методов -- здесь: peerj.com/articles/1078/

Приятных вам связей, #горячиеюныекогнитивные!

Школа по анализу ЭЭГ данных в Москве, 20−25 июля 2015

#горячиеюныекогнитивные из Москвы, а также все, кто до этой самой Москвы готов доехать! Уже на следующей неделе, 20−25 июля в ПИ РАО пройде школа по современным методам анализа ЭЭГ данных с крутыми лекторами и интересными темами. Информационное письмо прикреплено к посту. Вкратце — вас ждут пять полных дней лекций и практикумов по различным аспектам анализа ЭЭГ, включая методв вызванных потенциалов, спектральный анализ, метод независимых компонент и работу с базами ЭЭГ-данных. Короче — круто!

Информационное письмо: tcts.cogitoergo.ru/wp-content/uploads/2015/07/EEG-Seminar_Moscow-2015.pdf

Число мест ограничено, чтобы принять участие пишите Илье Захарову ().

Книги по Data Science

Ресурс для #горячихюныхкогнитивных, намеревающихся серьезно заняться самообразованием в области data science -- список хороших бесплатно распространяемых книг для разного уровня подготовки.

Список составлен и обновляется Уильямом Ченом -- исследователем из команды Quora. Бесплатный или условно-бесплатный (donation с минимумом в 0) доступ к книгам открывается по клику на обложку со страницы блога Уильяма: www.wzchen.com/data-science-books

Лекции по фМРТ

Национальный Институт Здоровья США (NIH) проводит открытый летний курс по функциональной магнитно-резонансной томографии.

Помимо основ сбора, хранения и обработки данных (AFNI/SUMA), темы включают в себя фМРТ состояния покоя, фМРТ аффективных расстройств, фМРТ обезьян и крыс и много других. Cписок тем, записи всех лекций и слайды можно найти по ссылке: fmrif.nimh.nih.gov/public/fmri-course/index_html

Идеальный t-тест

Дэниель Лакенс выложил скрипт для R, в котором он описывает идеальный (с его точки зрения) алгоритм расчетов и описания результатов при использовании t-теста.

В нем представлены три подхода — классический, байесовский, и робастный. Загнав в скрипт свои переменные, вы получите подробный отчет с пояснениями по результатам анализа и корректным описанием результатов, выглядящий примерно так: https://github.com/Lakens/perfect-t-test/blob/master/Output_demo_independent_t-test.pdf. Сам скрипт выложен на гитхабе (https://github.com/Lakens/Perfect-t-test), а подробнее почитать про обоснование можно в блоге: http://daniellakens.blogspot.nl/2015/05/the-perfect-t-test.html

Очень советуем всем взглянуть на этот скрипт и посмотреть логику и описание результатов. t-тест — один из наиболее часто применяемых методов, и знать как его использовать нужно всем. Однако нужно также понимать, что идеалы у всех разные, и не воспринимать предложенный текст как догму.

xkcd.com/650/

Как получить максимум от поездки на конференцию

Marieke van Kesten, психолог из Университета Стэнфорда, написала очень полезный пост в коллективном блоге NeuWrite Neuroblog. В своем тексте она дает 8 рекомендаций, касающихся эффективного пребывания и выступления на конференциях.

Полный текст можно прочесть в Neuroblog, а мы c разрешения автора приводим краткий пересказ.

1. Старайтесь получить финансирование от самой конференции -- это хорошо выглядит на CV, и подача не составляет большого труда. Если с финансированием сложно, старайтесь разумно выбирать конференции (например, выбрать маленькую узкоспециализированную, а не гигантскую общую).

2. Перед отъездом ознакомьтесь с программой и списком участников. Скачайте и просмотрите последние статьи людей, которые вам интересны. Если вы будете разговаривать с кем-то из этих людей, не стесняйтесь сказать, что вам нравятся их последние работы, и задать вопрос.

3. Если вы хотите с кем-то встретиться на конференции, напишите им заранее. Старайтесь знакомиться не только с профессорами -- знакомства и разговоры с более близкими по статусу постдоками и аспирантами могут быть настолько же полезны. Учтите, что чаще всего вы не сможете долго разговаривать с человеком перед его постером -- вам придется поймать его до или после постерной сессии.

4. Слоняйтесь=). Старайтесь передвигаться не только в кругу друзей из вашей собственной лаборатории.

5. Не упускайте неформальную часть, как раз там бывает возможно поймать кого-то нужного, и поговорить.

6. Как сделать удачную постерную презентацию:

Не забудьте вместе или вместо раздаточного материала повесить листок, на котором люди смогут написать свой адрес для получения копии вашего постера. Вы будете знать, кто интересуется вашим постером, и в отличие от бумажной копии, письмо точно не потеряется.
Сделайте ваш постер доступным онлайн и разместите на нем QR-код
Всегда будьте готовы рассказать ваш постер за 5 минут. Если же слушатель будет заинтересован или окажется специалистом по теме, он будет задавать вопросы, и вы сможете рассказать больше деталей.
Не перегружайте постер текстом.
Обращайте внимание на людей, которые подходят к вашему постеру, и старайтесь уделить внимание всем. Если вы видите, что человек ходит кругами и терпеливо ждет, пока вы закончите общаться с другим посетителем, включите его в диалог и предложите рассказать об исследовании.
Если вы хотите, чтобы ваш постер увидел кто-то конкретный, напишите этому человеку заранее.

7. Используйте социальные медиа. В твиттере можно узнать, что интересного произошло на параллельных секциях, необходимость написать что-то помогает удерживать внимание на докладах, а вас начинают замечать другие блоггеры и пользователи твиттера. Это полезно.

8. Практические советы

Одевайтесь удобно, особенно это касается обуви. Не забывайте, что в кондиционированных залах всегда холодно.
Старайтесь найти жилье как можно ближе к месту проведения конференции
Следите за тем, чтобы ваш бейдж был всегда виден.

Всем удачных конференций!

Ортогонализация регрессоров в данных фМРТ

В Plos ONE вышла статья, очень понятно объясняющая принципы и правила ортогонализации регрессоров для фМРТ.

Статья будет полезна для прочтения всем, кто проводит или планирует фМРТ-исследования, особенно тем, кто пользуется программой SPM. Процедура ортогонализации часто используется без понимания ее влияния на интерпретацию результатов, а в некоторых случаях вообще применяется автоматически, что приводит к ошибкам в трактовке данных. В статье рассказывается о том, как в фМРТ появляется коллинеарность моделей, когда эта коллинеарность опасна, как работает ортогонализация и как проводить ее в SPM и FSL. Must read.

journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.126 255

В качестве бонуса — видео человека, поющего «If I Only Had a Brain», сделанное при помощи новейшей техники скоростной томографии.

Google Scholar button

Новый удобный инструмент от Google -- Google Scholar Button для Chrome.

Позволяет искать статьи одним нажатием кнопки. Поисковый запрос вводится либо вручную, либо просто выделением текста в браузере.

Способ применения #1.

1. Найти интересную ссылку, читая что-то в браузере.

2. Выделить название/авторов/whatever.

3. Нажать на Scholar-кнопку.

4. Перейти сразу к тексту статьи.

Способ применения #2.

1. Захотеть полную ссылку на некую статью.

2. Полениться открывать reference manager.

3. Нажать на Scholar-кнопку, ввести запрос в поисковую строку.

4. Нажать на значок кавычки -- получить ссылку в APA-формате.

Вот так просто. Никаких ctrl+c ctrl+v и переходов на сайт Google Scholar -- все под рукой.

Mind in Pictures: Memory

Scientific American ведет рубрику «Mind in Pictures», в которой нейроученый Дуэйн Годвин и создатель PhD Comics Йорг Чам рассказывают в одной картинке о научных фактах по какой-то теме из области наук о мозге.

Конечно, информация подается в максимально (а иногда криминально) упрощенном виде, но тем не менее, это неплохой способ систематизации информации. Например, в последнем выпуске они говорили о памяти. С разрешения авторов мы публикуем картинку с произвольным переводом.

Наша жизнь определяется воспоминаниями о внешнем облике объектов, звуках, запахах и чувствах. Как мы все это помним? И можем ли мы улучшить свою память? В начале 1900х немецкий биолог Рихард Семон предположил, что образ памяти -- «энграмма» -- это перманентный след раздражения, «закрепленный» в нервной системе. А в 1950х Карл Лешли стал искать энграммы в мозге крыс, чтобы ответить на вопрос о пространственном расположении памяти, но заключил, что воспоминания на самом деле распределены по всему мозгу. В современной науке считается, что воспоминания кодируются синаптическими связями между различными областями мозга путем процесса долговременной потенциации. Обычно коммуникация между двумя нейронами осуществляется при помощи нейротрансмиттера глутамата. Когда синапс активируется залпом импульсов, NMDA-рецепторы «принимающего» нейрона позволяют ионам кальция попасть в клетку. В свою очередь, это задействует большое количество AMPA-рецепторов глутамата, тем самым повышая чувствительность синапса. Впоследствии синтезируются новые белки, способствующие поддержанию этого изменения чувствительности. Можем ли мы контролировать память? В недавнем эксперименте было показано, что генетически модифицированные мыши, имеющие большее количество nmda-рецепторов определенного типа, лучше справляются с заданиями на памяти. А препараты, затрудняющие процесс долговременной потенциации, предлагается использовать для снижения эффекта болезненных воспоминаний. Так что помните -- ваш мозг хорошо справляется с сохранением воспоминаний. Живите ярко и создавайте новые.

Летняя практика для третьекурсников -- University of Rochester

Отличная возможность для студентов бакалавриата: Университет Рочестера организует оплачиваемую летнюю практику в Centre for Visual Science.

Приглашаются студенты, интересующиеся нейронаукой, когнитивной наукой, искусственным интеллектом и биомедициной. Прежде всего программа рассчитана на третьекурсников, но возможны заявки от второкурсников и от студентов четвертого курса, если они еще не поступили в магистратуру.

Практика проходит с 1 июня по 31 июля, срок подачи заявки -- 1 марта. Подробности на сайте программы: www.cvs.rochester.edu/training/undergraduate/fellowships/index.html

Напоминаем, что TCTS помогает желающим составить мотивационное письмо и CV;)